在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰(zhàn)結(jié)束后，人類世界迎來了長達(dá)兩年的和平歲月。這一日，入間隊(duì)長隨同GUTS考古隊(duì)來到位于南太平洋的遠(yuǎn)古遺跡露露耶，他們?cè)俅伟l(fā)現(xiàn)了業(yè)已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達(dá)拉姆（松田優(yōu) 飾）及女領(lǐng)袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對(duì)對(duì)古跡的觸動(dòng)，但絲毫無法改變上層的決定，最終導(dǎo)致三尊邪神復(fù)活，人類再度面臨危機(jī)。與此同時(shí)，圓·大古（長野博 飾）與柳瀨·蕾娜（吉本多香美 飾）相知相守，即將步入婚禮的殿堂。可是邪神指揮其爪牙向人類世界發(fā)起進(jìn)攻，早已喪失奧特曼力量的大古，面對(duì)當(dāng)前的危機(jī)束手無策。　　三千萬年前毀滅人類文明的遙遠(yuǎn)記憶，折磨著重新大古與迪迦奧特曼的神經(jīng)……