日本警視廳特殊部隊（SIT）小隊長瀨文焚流（加瀨亮飾），在一次執行任務時遭遇隊友的離奇死亡，面對高層他百口莫辯，最終被調職到公安部公安第五課——不明事件調查科。該部門專門調查一些匪夷所思的超自然案件，當然在所謂“科學昌明”的現代化社會，這也意味著第五課是一個很難得到認可的邊緣部門。除瀨文外，第五課只有油滑的上司野野村光太郎和智商高達201的怪女孩當麻紗綾（戶田惠梨香飾）。在此期間，預言師、神之手等各種各樣擁有超能力（SPEC）的人物接連登場。瀨文在和當麻辦案的過程中，漸漸趨近了一個鮮為人知且充滿陰謀和秘密的未知世界……