經過南國小島上和鷹岡的決斗，3年E班的各位與殺老師（福山潤配音）的關系進一步拉近。雖然暗殺活動仍在繼續，然而這似乎已經變成了師生之間互動玩樂的重要環節。以茅野楓（洲崎綾配音）為代表的學生們又開始策劃更加精彩的暗殺陷阱。除此之外，他們幫助比琪老師（伊藤靜配音）追求烏間惟臣（杉田智和配音），又或者磨刀霍霍與A班的精英們展開榮譽與尊嚴之戰。與此同時，白先生帶領堀部系成（緒方惠美配音）卷土重來，而神秘的死神則將E班推向各位兇險的境地。隨著最后期限一天天逼近，殺老師和學生們的關系變得愈加微妙……本片根據松井優征的超人氣漫畫改編。